作为省环保厅派出机构，该局创新管理体制和运行机制，由省环保厅和雄安新区党工委、管委会双重管理，以省环保厅管理为主。该局承担雄安新区规划建设局、公共服务局和综合执法局统一划转的生态环境保护、城乡各类污染排放监管相关行政许可、行政执法等管理职责。今后，雄县、容城和安新三县的环保局调整为雄安新区生态环境局直属分局，由该局直接管理。

雄安新区生态环境局主要职责为负责建立健全生态环境基本制度、重大环境问题的统筹协调和监督管理、组织督促新区污染减排目标的落实、从源头预防控制环境污染、环境污染防治的监督管理、新区辐射安全的监督管理、新区环境监测和信息发布、推进生态环境科技发展等职责。

雄安新区生态环境局将全力推进新区生态环境保护工作，精准把握“雄安质量”生态环境内涵，严格生态环境监管，促进生态环境改善，落实好《雄安新区及白洋淀流域2018年生态环境治理工作方案》，制定详实的工程进度安排、时间表、路线图，严格责任落实。坚持铁腕执法，强化网格化环境监管体系建设，保持高压态势，严厉査处和打击各类环境违法行为。

发挥科技创新在污染防治与生态文明建设中的支撑引领作用，推进新区生态环境修复。通过外源污染管控、内源污染治理、生态补水三项措施，实现雄安新区水体水质明显改善。坚决打好蓝天保卫战，以全城无煤化作为重点，切实高标准强化建筑施工管理，实现空气质量持续改善。按照“无废城市”标准，实现固废和危险废物的减量化、资源化、无害化处置和利用。重点加快推进农村生活污水治理进度，解决农村垃圾、污水带来的环境污染和“脏乱差”问题。